影片《龙门飞甲》的故事背景设定在明朝成化年间,当时朝纲腐败,宦官专权,西厂和东厂两大特务机构被奸邪之徒掌控,他们颠倒黑白,肆意陷害忠良,使得整个朝廷内外人心惶惶,无人敢言。在这动荡不安的时局中,以赵怀安(由李连杰饰演)为首的一群流亡剑客挺身而出,他们凭借高超的武艺和坚定的信念,接连铲除了东厂的数名奸佞之徒,令阉党闻风丧胆。
然而,正当赵怀安等人声名鹊起之时,西厂督主雨化田(由陈坤饰演)却突然出面干预,企图阻止他们的正义之举。与此同时,宫女素慧容(由范晓萱饰演)因怀有身孕而遭到雨化田爪牙的疯狂追捕。在逃亡途中,她幸运地得到了神秘侠客凌雁秋(由周迅饰演)的救助。两人一路辗转,最终逃到了关外那座曾经见证过无数腥风血雨的龙门客栈。
龙门客栈,这个看似平凡无奇的地方,实则暗藏杀机,危机四伏。雨化田的手下紧追不舍,与先前抵达的鞑靼商队形成了剑拔弩张的对峙局面。而就在这关键时刻,一个与雨化田长相极其相似的卜仓舟(同样由陈坤饰演)与女侠客顾少棠(由李宇春饰演)也恰好投宿于此。不久之后,赵怀安等人也悄悄潜入了龙门客栈。
一时间,各方势力云集于此,新的正邪之战一触即发。而在这场激烈的较量背后,还隐藏着一个天大的秘密,等待着众人去揭开……