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清空
在1943年的欧洲战场，局势错综复杂，危机四伏。卡特兰地区涌现出一群异形军，它们肆意横行，给世界带来了深重的恐怖与死亡威胁。就在这千钧一发之际，一群勇敢的少女挺身而出，她们被称为“魔法少女（Witch）”。这些少女自远古以来便肩负着保护人类的重任，依靠体内蕴藏的魔力，与各种威胁人类生存的怪兽展开了激烈的搏斗。在魔法少女们组成的机械化航空步兵的英勇阻击下，异形军最终被击退，而少女们也在完成任务后功成身退，散落到了世界各地。
其中一位美丽的魔法少女名叫宫藤芳佳，由福圆美里配音。战后，她回到了故乡扶桑皇国，立志成为一名优秀的医师。某一天，扶桑皇国海军学校的一号生服部静夏（内田彩配音）前来拜访芳佳，邀请她前往欧洲的威尼西亚公国留学。
就这样，身怀绝技的美丽魔法少女们再次从四面八方汇聚一堂。她们在欢乐玩笑的同时，却未曾察觉到，那些贼心不死的异形军正悄然逼近，一场新的战斗即将拉开帷幕……